Khi thiết kế chiếc máy bay, nhiều mô hình đã được nghiên cứu. Cuối cùng Saab lựa chọn một thiết kế cánh mũi không ổn định. Kiểu bố trí cánh mũi mang lại tỷ lệ "pitch" tấn công lớn, lực cản thấp cho phép máy bay bay nhanh hơn, tầm hoạt động rộng hơn và mang trọng tải lớn hơn.

Sự kết hợp cánh tam giác và cánh mũi khiến JAS 39 Gripen rõ ràng có các đặc tính bay và khả năng cất cánh, hạ cánh tốt hơn. Các hệ thống điện tử hàng không tích hợp biến nó trở thành một chiếc máy bay "lập trình được". Gripen cũng có một thiết bị tác chiến điện tử lắp đặt sẵn, khiến nó có thể mang theo nhiều vũ khí ở thân ngoài hơn mà không mất đi các khả năng tự vệ.

JAS 39 Gripen có khả năng linh hoạt cao hơn máy bay chiến đấu thuộc các thế hệ trước của Thụy Điển, và các chi phí hoạt động của nó khoảng bằng 2/3 chi phí của chiếc JA 37 Viggen.

Các đặc điểm kỹ thuật của chiếc Gripen đòi hỏi hoạt động từ các đường băng dài 800m trở lên. Giai đoạn đầu của chương trình, tất cả các chuyến bay xuất phát từ cơ sở của Saab tại Linköping đều cất cánh từ một đường băng được sơn vạch 9 m × 800 m bên ngoài đường chạy. Khoảng cách dừng được giảm xuống bằng cách mở rộng phanh không khí vốn đã khá lớn; sử dụng việc kiểm soát các bề mặt nhằm ép máy bay xuống đường băng giúp phanh bánh có thêm lực và ép nghiêng cánh mũi ra phía trước, biến chúng thành những phanh không khí lớn đẩy máy bay ép thêm xuống mặt đất.

Một đặc tính đáng chú ý là khả năng hạ cánh trên đường cao tốc của Gripen. Khi đã ở dưới mặt đất, nó có thể được tái nạp nhiên liệu và vũ khí trong 10 phút bởi 5 kỹ thuật viên cơ động trên một chiếc xe tải, sau đó cất cánh trở lại tiếp tục thực hiện nhiệm vụ.